中国农业科学院（深圳）农业基因组研究所（以下简称“基因组所”）程时锋团队致力于利用组学信息大数据和比较进化生物学技术探讨前沿关键科学问题，力图在植物学、农业、天然药物等方面进行转化应用。从整个植物生物多样性（Evolutionary Biodiversity）的角度，通过基因组连接生命之树（ConnectingGenomics），探讨关键进化节点上的基因组进化与适应性的机制。团队先后参与完成了多个组学项目，相关研究结果发表在Nature、Science、NatureGenetics、Nature Biotechnology、Gigascience、Plant Cell、Plant Journal等知名国际期刊上。团队成员来自多个学科，包括计算机科学、基因组学、生物信息学、植物分子生物学、进化与群体遗传学等。

一、博士后招聘

01以复杂植物基因组为背景的关键生物信息技术和流程开发

  主要结合具体项目有针对性地对最新测序或图谱构建平台（PacBio/Sequel,Nanopore，MGISEQ/Illumina，10X Genomics/stLFR，HiC，Bionano等）所产生的基因组数据进行分析，优化其计算方法与技术，开发能够解决发表领域里特定问题的软件和流程。内容涉及关键基因组组装、基因组注释、转录组学、比较基因组学与比较系统发育方法学等。将对开发的流程在具体项目中进行应用和评估，如解决多倍体或超大型基因组拼接与分析问题、比较系统进化生物学问题等。此方向计划招收2-3名博士后，欢迎生物信息学专业、计算机或数学专业及计算基因组学专业的青年英才加入。

02生物固氮演化

  该方向包括结瘤生物固氮基因组进化研究、植物宿主与共生固氮微生物互作协同进化等。深入探索共生信号途径中的关键基因，对其调控因子的进化与表达谱进行研究，尤其是对非蛋白质编码区中潜在的新的调控因子进行鉴定与挖掘。在这方面，针对结瘤固氮分支四大科目（Fabales，Fagales，Cucurbitales，Rosales）进行基因组进化与多样性研究，探究结瘤系统发生的频率与分布及每个分支中只有部分物种能够形成根瘤固氮的分子机制与进化问题。在弄清楚结瘤固氮整个遗传代谢通路相关因子的前提下，最终目标是通过工程化手段将共生固氮能力导入到其他非豆类重要作物。通过对相关物种及其近缘物种基因组和跨组学大数据分析，建立一个新的研究系统，探索其中能够固氮或相关物种失去固氮的分子机制，借助现代分子遗传、基因编辑与合成技术进行转化验证。本方向计划招收1-2名博士后，欢迎对植物进化生物学和生物固氮大进化感兴趣的同学加入。

03复杂多倍体作物重测序与比较进化群体基因组学

  该方向聚焦多倍体作物进化与遗传多态性的基因组学解决方案。前期已以小麦作为模式物种进行了深度探索，并将扩展到花生、甘蔗、油菜等作物。

  小麦是重要的经济作物，也是高度复杂的基因组承载体，其丰富的野外、祖先以及栽培体系等多样性资源远未得到开发。课题组将借助最新的基因组学测序技术和前沿的生物信息学分析技术，对小麦整个科以及六倍体小麦群体进行全面的基因组数字化。通过重测序、群体分析和比较基因组学分析，充分挖掘小麦变异组的多样性资源，为阐明小麦纵向与横向进化提供最全面的图谱，在生物信息大数据指导下为精准基因组编辑与代谢通路合成提供蓝图，为小麦遗传育种与“设计完美小麦计划”作出贡献。该方向计划与国外教授共同培养2-3名博士后，欢迎有志于进行小麦基因组学大数据分析与应用的有志英才加入。

与此同时，团队也将致力于如下技术的开发探索与应用：1，植物基因组暗物质—非蛋白质编码区组学量化技术；2，植物土壤共生微生物、人体肠道菌群（与食品、营养与天然药物互作）组学量化技术；3，基于组学大数据的基因组工程设计（指导精准基因编辑、合成生物学）；4，基于生物多样性资源与组学大数据的天然药物筛选、挖掘与设计。欢迎对上述技术开发有兴趣的青年英才积极应聘！

二、联合培养博士招收

  中国农业科学院研究生院与荷兰瓦赫宁根大学合作举办了博士学位教育项目。多年以来，本课题组与荷兰瓦赫宁根大学深度合作，拟在上述招聘博士后的研究方向联合培养1-2名博士生。

  有意向的同学请将个人简历及Research Proposal到邮箱chengshifeng@caas.cn。

  招生简章详见链接：

http://gs.caas.cn/Html/2018_10_19/2160_26877_2018_10_19_119673.html?from=groupmessage&isappinstalled=0

三、招聘要求

  对植物科学和组学技术有纯粹的热爱，既有雄心壮志也能脚踏实地，认同团队“投入、勇气、创新和协作”的核心价值观（4C：Commitment, Courage, Creativeness, andCooperation）。

  欢迎已获得或即将获得基因组学与生物信息学、进化生物学、分子生物学、生物化学、遗传育种或生物统计等相关专业博士学位的有识之士加入，也欢迎对生物学有强烈兴趣的数学、物理和计算机学科的博士加入。

  具有良好的沟通能力和中英文科技写作能力，能在一分钟内向非本专业人士解释自己博士研究的主要发现和意义，并在国际学术刊物以第一作者发表过或即将发表SCI论文。

四、应聘方式

  热忱欢迎各路青年才俊加盟我们的团队。英雄不问出身，我们只关注您的兴趣、素质和潜力。

  如果您准备好了，就请将您的个人简历（包含教育经历、研究经历、论文发表）、代表作和研究意向以电子邮件形式发送到：chengshifeng@caas.cn，邮件主题和材料压缩文件请注明“姓名+申请博士后/联培博士”。

  我们会仔细分析并保密所有应聘材料，确定候选人后将邀请您进行面试。我们将全力为您提供最佳的科研环境，让您充分发挥聪明才智、实现个人理想。除参照国家和中国农科院的博士后相关政策外，我们还积极帮助您申请广东省和深圳市的人才支持，工资和补贴总额约为100万元左右（三年）。博后期满，我们将择优推荐农科院“青年英才”或深圳市人才岗位。

  工作地点：深圳

程时锋团队代表性论文

1.Maximilian Griesmann, et al. Martin Parniske*, Pierre-Marc Delaux*, ShifengCheng*. Phylogenomics reveals multiple independent losses of thenitrogen-fixing root nodule symbiosis. Science, 2018. DOI:10.1126/science.aat1743

2.Shifeng Cheng, Michael Melkonian, Stephen A Smith et al. 10KP: A phylodiverse genomesequencing plan. 2018. GigaScience, giy013,https://doi.org/10.1093/gigascience/giy013

3.Shifeng Cheng, Bernard Gutmann, Xiao Zhong et al. Redefining the structuralmotifs that determine RNA binding and RNA editing by pentatricopeptide repeatproteins in land plants. The Plant Journal, 2016. DOI: 10.1111/tpj.13121

4.Senjie Lin, Shifeng Cheng, Bo Song et al. The Symbiodinium kawagutii genomeilluminates dinoflagellate gene expression and coral symbiosis. Science11/2015; 350(6261):691-694. DOI:10.1126/science.aad0408

5.Shifeng Cheng, Erik van den Bergh, Peng Zeng et al. The Tarenaya hassleriana genomeprovides insight into reproductive trait and genome evolution of crucifers. ThePlant Cell 08/2013; 25(8). DOI:10.1105/tpc.113.113480

6.Gengyun Zhang, Xin Liu, Zhiwu Quan et al. Genome sequence of foxtail millet (Setariaitalica) provides insights into grass evolution and biofuel potential. NatureBiotechnology 05/2012; 30(6):549-54. DOI:10.1038/nbt.2195

7.The tomato genome sequence provides insights into fleshy fruit evolution. TheTomato Genome Consortium. Nature 05/2012; 485(7400). DOI:10.1038/nature11119

8.The genome of the mesopolyploid crop species Brassica rapa. The Brassica rapa Genome Sequencing Project Consortium. Nature Genetics 08/2011; 43(10):1035-9.DOI:10.1038/ng.919

9.Genome sequence and analysis of tuber crop potato. The International PotatoConsortium. Nature 07/2011; 475(7355):189-95. DOI:10.1038/nature10158

10.A high-quality carrot genome assembly reveals new insights into carotenoidaccumulation and Asterid genome evolution. The Carrot Genome Consortium. NatureGenetics. 2016 Jun;48(6):657-66. doi: 10.1038/ng.3565. Epub 2016 May