程时锋课题组

Cheng Shifeng Lab

　　

课题组长

程时锋，研究员，博士生导师。以Plant Trait-based phylogenomics (Evolution)、Crop Genomics-design Breeding (Agriculture) 为核心，长期从事植物系统发育进化基因组学、关键性状起源和演化分子机制、及麦类豆类作物群体遗传学及基因组设计育种等研究工作。其代表性成果以第一或通讯作者（含共同）发表在Science（2篇）、CELL、Nature Biotechnology、Plant Cell等杂志10余篇，在国际期刊上发表60余篇高质量文章，引用15000余次，多篇文章被F1000重点推荐；主持国家重点研发计划1项，省部级项目2项。目前聚焦以“小麦”(禾本科)、“豌豆”(豆科)作物群体驯化与育种改良为对象，以“光高效”和“氮高效”如何决定产量与种子蛋白质含量为主要科学问题，开展进化发育系统生物学和群体数量遗传学研究。

　　工作经历

　　2018/10-至今               中国农业科学院农业基因组研究所              研究员、博士生导师

　　2011/07-2018/10        华大基因研究院                                         资深科学家

　　

　　教育经历

　　2013/09-2016/12          香港大学                                                生物信息学       博士研究生

　　2008/09-2011/07          华大基因研究院-深圳大学创新联培         基因组学           硕士研究生

　　2004/09-2008/07          湖北大学                                                生物科学           本科

　　

　　团队研究方向

a) 小麦种质资源创新、群体数量遗传学和麦类农艺性状遗传机制解析；

b) 豌豆种质资源创新、群体数量遗传学和孟德尔性状遗传机制解析；

c) “谷-豆”主要作物基因组辅助分子育种；

d) 比较进化基因组学研究结瘤共生固氮起源分子模型和进化发育的遗传机制；

e) 比较进化基因组学研究C4光合作用起源分子模型和进化发育的遗传机制；

f) 植物生命起源与大进化中水平基因转移。

　　主要课题

a）主持了国际“谷-豆”基因组联盟项目（http://www.g3rp.com/）， 建立了以禾本科作物小麦、以及豆科作物豌豆为模式的研究体系。绘制作物群体遗传变异多样性图谱、构建作物群体生命周期表型库，以及开发作物基因组大数据MTAs（marker/gene-trait association）和基于多系家族作图群体的JLA（Joint-linkage association）研究方法；

b）主持了全球结瘤生物固氮分支N2-fixing Nodulation Clade比较进化基因组学联盟项目（NodEvo），研究Root Nodule Symbiosis的祖先新性状起源与多样性演化的分子演化机制，及基因表达表观调控机制；

c）主持了全球C4光合作用比较进化基因组学国际联盟（https://www.c4phylomics.org/），研究其起源、平行及渐近式演化的分子遗传机制，和基因表达表观调控机制。

在研项目：

a）广东省珠江人才计划，重要农作物结瘤固氮遗传调控网络构建与基因组工程，2020-2025，1000万；

b）科技部重点研发计划，合成生物学专项任务二，2019-2024，736万；

c）国家自然科学基金委，优秀青年科学基金，植物共生与固氮，主持，32022006，2021.01-2023.12，120万。

科研成果

程时锋研究员的相关研究成果以第一或通讯作者(含共同)发表在Science（2篇）、CELL、Nature Biotechnology、Plant Cell等杂志10余篇，共发表SCI论文40余篇，他引11000多次。多次主持国际联盟重大项目，主持国际学术研讨会并作报告。目前拥有团队成员15名，主要来自计算机科学、基因组学、生物信息学、植物分子生物学、进化与群体遗传学等多个学科。

代表性论文: *第一作者 ?通讯作者

　　1. Cheng S*, Wong G, Melkonian M. Giant DNA viruses make big strides in eukaryote evolution. Cell Host & Microbe (2021).

　　2. Cheng S*, Xian W, Fu Y, et al. Genomes of Subaerial Zygnematophyceae Provide Insights into Land Plant Evolution. Cell, 2019, 179(5): 1057-1067. e14.

　　3. Griesmann M, Chang Y, Liu X, et al. Cheng S?. Phylogenomics reveals multiple losses of nitrogen-fixing root nodule symbiosis. Science, 2018, 361(6398): eaat1743.

　　4. Cheng S*, Melkonian M, Smith SA, et al. 10KP: A phylodiverse genome sequencing plan. Gigascience. 2018;7(3):1–9.

　　5. Cheng S*, Gutmann B, Zhong X, et al. Redefining the structural motifs that determine RNA binding and RNA editing by pentatricopeptide repeat proteins in land plants. Plant J. 2016;85(4):532–547.

　　6. Lin S, Cheng S*, Song B, et al. The Symbiodinium kawagutii genome illuminates dinoflagellate gene expression and coral symbiosis. Science. 2015;350(6261):691–694.

　　7. Cheng S*, van den Bergh E, Zeng P, et al. The Tarenaya hassleriana genome provides insight into reproductive trait and genome evolution of crucifers. Plant Cell. 2013;25(8):2813–2830.

　　8. Zhang, G., Liu, X., Quan, Z. Cheng S*. et al. Genome sequence of foxtail millet (Setaria italica) provides insights into grass evolution and biofuel potential. Nat Biotechnol 30, 549–554 (2012).

　　程时锋课题组更新于2023年11月