组学技术研究中心

The Omics Technology Research Center

　　

中心简介 / Introduction

　　组学技术研究中心面向国际农业基因组学前沿，开发一流组学技术体系，助推国内外农业基因组学技术发展。中心主要围绕组学技术发展中的重点方向与关键问题，开发完善基因组学、转录组学、代谢组学、宏基因组学、表型组学等多组学测序及分析技术体系，建设以农业生物组学数据为核心的大数据云计算平台。以组学技术为主要力量，解决农业、环境、食品与健康领域中的重大科学问题。

　　Omics Technology Research Center explores the frontier of inter- national agricultural genomics,and develops the first-class system of genomics technology.promoting the development of agricultural ge- nomics technology both in China and abroad.It focuses on the key di- rections and challenges in histology field.It has developed and im- proved multi-omics sequencing and analysis technology systems in- cluding genomics.transcriptomics,metabolomics.macrogenomics and phenomics.and builds a big data cloud computing platform with agricultural biomics data as the core.With the great help of histology technology,we will solve major scientific problems in agriculture,environment,food,and Health

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人员组成 / Personnel Structure

　　组学技术研究中心现有农科院创新团队2个、课题组4个，国家自然基金优青项目获得者1名，农业农村部“杰出青年农业科学家”1名，农科院“青年英才”入选者3名，深圳市国家级领军人才1名，深圳市海外高层次人才2名，固定人员27名，其中博士生导师4名，研究员3名，国际水稻所高级科学家1名，副研究员1名，博士后12名。

　　The center consists of two innovation groups of CAAS and four labs. Among the 27 team members, one have received the Excellent Young Scientist Fund from NSFC, one have received the Outstanding Agricultural Young Talents of the ministry of Agriculture and Rural Affairs ,three have received the Elite Young Scientists of CAAS, one have received the National Leading Personnel in Shenzhen, and two have received the Overseas High-level Talents in Shenzhen. The team includes four doctoral advisors, three research professors, one Senior Scientist of IRRI，one associate professor, and twelve postdoc fellows.

创新团队 / Innovation groups of CAAS

农业基因组学技术研发与应用创新团队/Agricultural Genomics Technology Innovation & Application Innovation Group

作物组学大数据与应用创新团队/Big Data and Application of Crop Omics Innovation Group

农业宏（环境）基因组学创新团队/Big Data and Application of Crop Omics Innovation Group

课题组 / Labs

　　阮珏课题组 / Ruan Jue Lab

　　常玉晓课题组 / Chang Yuxiao Lab

　　崔鹏课题组 / Cui Peng Lab

      徐炜课题组 / Xu Wei Peng Lab

　　叶国友课题组 / Ye Guoyou Lab

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　　任务目标 / Objectives

　　中心主要围绕组学技术发展中的关键方向与问题，开发完善基因组学、转录组学、代谢组学、宏基因组学、表型组学等多组学测序及分析技术体系。建设以农业生物组学数据为核心的大数据云计算平台。以组学技术为主要力量，解决农业、环境、食品与健康领域中的重大科学问题。

　　The center focuses on key directions and issues in the development of Omics technology, Developing and Improving of Multi-Omics Sequencing and Analysis Technology System, which including Genomics, Transcriptome, Metabolomics, Metegenome, and Phenomics etc. Establishing a cloud computing big-data platform based on Agrobiomics data, and Solving major Omics problems that are related to agriculture, environment, food and health.

　　

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研究方向 / Research Areas

建成国内农业系统最大的农业基因组数据分析平台

农业基因组计算分析平台算峰值达500万亿次/秒，存储达16PB,2021年，平台面向国内外科研机构开展技术服务，服务经费达1100万元。

　　开发维护国际主流基因组组装算法，形成组学自主核心技术群

组学中心阮珏研究员团队自主研发的组装算法--SMARTdenovo,自2015年开源使用以来(https:/github.com/ruanjue/smartdenovo),长期保持高频次的下载星和引用率，应创刊邀请，回顾描述其方法学原理的学术论文于2021年发表在《GigaByte》。根据《2021年中国科技论文统计报告》，阮廷研究员发表的wtdbg算法的方法学原理论文“Fast and accuratelong-read assembly with wtdbg2"((Nature Methods.》，2020)被评选为“中国百篇最具影响国际学术论文”之一；此外，wtbg作为组学研究的重要算法支撑。解决了肺鱼超大基因组组装难题(《Cell》，2021),绘制了裸子植物中首个染色体级别高质量超大银杏基因组(《Nature Plants》，2021).其中“非洲州肺鱼基因组揭示脊椎动物水陆过渡”的研究成果入选了2021年度中国生命科学十大进展，以及2021年度中国农业科学院重大科学发现。张兴坦研究员利用自主开发的两种算法(Khaper和ALLHiC)整合多种组装策略，攻克高杂合基因组组装难题，成功拼接了两套铁观音基因组，揭示了该物种的演化和人工驯化历史(《Nature Genetics.》，2021)。

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组学技术研究中心更新于2022年10月